劳动纠纷适用仲裁前置程序，根据法律规定，劳动者提起劳动仲裁应当在法定的期间内提出，超过仲裁时效再申请劳动仲裁的，应当承担时效经过的不利风险。

刘某于2017年3月1日入职某公司，直至2019年9月30日。双方于2019年9月30日签订了《解除劳动合同协议书》，刘某后因解除劳动合同经济补偿金、经济赔偿金、加班费、扣发工资等事由，于2020年10月29日向劳动仲裁机构申请仲裁，仲裁机构不予受理，是否合法？

刘某与某单位解除劳动关系的日期为2019年9月30日，应在2020年9月30日之前向仲裁委员会申请仲裁。现刘某于2020年10月29日申请仲裁，且刘某无法证明存在仲裁时效中断或中止的情形，因此仲裁机构不予受理的裁判符合法律规定。

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》

第二十七条 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。

前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。

因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。

劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。

劳动者在与用人单位存在劳动争议时，应及时申请劳动仲裁维护自己的合法权益。一般而言，若当事人没有导致仲裁时效中断或中止的情形，申请仲裁的时效应自权利受到侵害之日起计算，拖欠劳动报酬发生争议可自离职之日起计算。当事人超过仲裁时效后向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，仲裁作出不予受理的书面裁决，当事人向人民法院起诉的，如确已超过仲裁申请期限，但无不可抗力或者其他正当理由的，人民法院将依法驳回其诉讼请求。