员工因担心疫情而拒绝上班的处理是用人单位应从人性化角度出发，对其进行安抚、心理疏导，消除员工恐慌情绪，引导劳动者逐步进入正常工作状态；若公司可以远程工作，可以安排员工远程在家工作；可以经沟通后，劳动者主动辞职，或双方协商一致解除劳动合同。

【法律依据】

根据《劳动合同法》第三十六条，用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。