国家机关工作人员由于防控新型冠状病毒肺炎工作不负责任，导致传染病传播或者流行的处罚是滥用职权或者玩忽职守，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的，分别依照滥用职权罪、玩忽职守罪处罚；上述人员严重不负责任，采取防控措施不当，或者隐瞒、缓报、谎报疫情以及指使、强令他人瞒报、缓报、谎报疫情，或者拒不执行疫情应急处理指挥机构的决定、命令，造成疫情扩大或者加重的,按照传染病防治失职罪处罚。

【法律依据】

根据《刑法》第四百零九条，从事传染病防治的政府卫生行政部门的工作人员严重不负责任，导致传染病传播或者流行，情节严重的，处二年以下有期徒刑或者拘役。