对股东出资存在合理怀疑的情况下，股东应提交出资证明书、验资报告、银行进账单、完税证明、公司财务报表等证据，证明已履行出资义务。

如何判断股东已经履行出资义务？

公司法第28条规定，股东应按期足额缴纳各自认缴的出资额。以货币出资的，应将货币出资足额存入公司账户；以非货币财产出资的，应依法办理财产权转移手续。

通常，股东可通过以下途径，证明已履行出资义务：

1.出资证明书。出资证明书由有限责任公司签发给股东，内容包括股东姓名或名称、出资额及出资日期，是证明投资人依法履行缴付出资义务的法律文件。

2.验资报告。验资，是指注册会计师依法接受委托，对被审验单位注册资本的实收情况或注册资本及实收资本的变更情况进行审验，并出具验资报告。验资报告具有法定证明力，供被审验单位申请设立登记或变更登记及据以向出资者签发出资证明时使用。

3.公司财务报表。公司的财务报表中，资产负债表、所有者权益、实收资本的内容，也能反映股东实缴出资的情况。

4.银行进账单。股东出资汇款时，可在附言中注明该款项的性质为“投资款”、“出资”，证明已实际出资。

5.注册资本完税证明。股东实缴资本的，作为实收资本的立账簿人需要缴纳印花税。有限责任公司股东实际缴纳出资的，公司需按实缴资本金额，缴纳万分之五的印花税，税务机关出具相应的完税证明。所以，股东可提供完税证明，证明已履行了实缴出资义务。

律师解析：

出资是股东最基本的法定义务。股东未全面履行出资义务，可能会侵害公司的财产权和其他股东的合法权益，也损害公司债权人利益。

股东出资有瑕疵的，股东应当赔偿该瑕疵对公司造成的损失，对瑕疵部分为公司造成的损失承担担保责任。股东因出资行为或实物、权利等对公司造成损害的，股东不能证明自己无过错的，应就该损害承担赔偿责任。其他股东同意部分股东未出资或出资不足、出资瑕疵，因而造成公司或第三人损害的，该股东及同意的股东应当承担连带赔偿责任。

【法律依据】

《公司法》第二十八条　股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。股东以货币出资的，应当将货币出资足额存入有限责任公司在银行开设的账户；以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。

股东不按照前款规定缴纳出资的，除应当向公司足额缴纳外，还应当向已按期足额缴纳出资的股东承担违约责任。