根据相关规定，禁止在饮用水水源保护区内设置排污口。但是有些工厂，为了自身的利益，还是偷偷的在饮用水水源保护区内设置排污口，那么，工厂在饮用水水源保护区内设置排污口，如何处罚？

工厂在饮用水水源保护区内设置排污口的，由县级以上地方人民政府责令限期拆除，处十万元以上五十万元以下的罚款；逾期不拆除的，强制拆除，所需费用由违法者承担，处五十万元以上一百万元以下的罚款，并可以责令停产整治。

1、减少和消除污染源排放的废水量。

（1）改革生产工艺，减少废水排放量；

（2）尽量采用重复用水及循环用水系统；

（3）控制废水中污染物浓度，回收有用产品；

（4）处理好城市垃圾与工业废渣。

2、全面规划，合理布局，进行区域性综合治理。

（1）在制定各种规划时，对可能出现的水体污染要采取预防措施；

（2）对水体污染源进行全面规划和综合治理；

（3）杜绝工业废水和城市污水任意排放，规定排放标准；

（4）将同行业废水集中处理，以减少污染源的数目，便于管理；

（5）有计划地治理已被污染的水体。

3、加强监测管理，制定法律和控制标准。

（1）设立环境保护管理机构，协调和监督各部门和工厂保护水源；

（2）颁布有关法规，制定保护水体、控制和管理水污染的具体条例。

【法律依据】

《中华人民共和国水法》第六十七条，在饮用水水源保护区内设置排污口的，由县级以上地方人民政府责令限期拆除、恢复原状；逾期不拆除、不恢复原状的，强行拆除、恢复原状，并处五万元以上十万元以下的罚款。

未经水行政主管部门或者流域管理机构审查同意，擅自在江河、湖泊新建、改建或者扩大排污口的，由县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构依据职权，责令停止违法行为，限期恢复原状，处五万元以上十万元以下的罚款。

以上就是“工厂在饮用水水源保护区内设置排污口，如何处罚？”的相关内容，在江河、湖泊新建、改建或者扩大排污口，应当经过有管辖权的水行政主管部门或者流域管理机构同意，由环境保护行政主管部门负责对该建设项目的环境影响报告书进行审批。