差额和全额事业单位的工资计算公式是不一样的，差额单位略高于全额单位。全额单位的工资由财政保障，差额单位是财政只拨付一部分，其他部分由所在单位自己通过其他渠道解决。至于退休后的待遇在实行养老金并轨之后，就基本相差不大了。

事业单位按经费来源可分为三种：

1、全额拨款事业单位，这种单位没有其他收入，经费只能全部靠政府财政负担，如中小学;

2、差额拨款事业单位，往往有一定的收入，但靠自己又无法养活自己，政府财政补贴一部分经费，如公办医院;

3、自收自支事业单位，有可观的收入，足可以通过自己的收入养活自己，不需要财政补助，如一些大学，国家一些检测机构，他们的收费很高，完全够自己花了。

差额单位的工资有一部分是需要单位在自己的收入中补齐的，如果单位效益不好，不补齐，工资就比全额的低，补齐的话就应该比全额的工资高。原因主要在单位。