实习期员工因疫情原因，被公司通知停薪留职的是不合法的。根据《关于妥善处理新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控期间劳动关系问题的通知》第一条规定，对新型冠状病毒感染的肺炎患者、疑似病人、密切接触者在其隔离治疗期间或医学观察期间以及因政府实施隔离措施或采取其他紧急措施导致不能提供正常劳动的企业职工，企业应当支付职工在此期间的工作报酬，并不得依据劳动合同法第四十条、四十一条与职工解除劳动合同。