在劳动合同履行过程中，风险一般由用人单位承担，不得随意转嫁给劳动者，除非劳动者因故意或重大过失给用人单位造成损失。对此，《工资支付暂行规定》第16条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。

李某系某公司机械维修工，每月工资8000元。2016年4月，公司因机器故障引发一起生产事故。随后，公司要求李某对公司所有机器进行检修，排查安全隐患，避免事故再次发生。但李某草草检查了事，不久导致再次发生事故，给公司造成5万多元的经济损失。公司随后按照规章制度对李某作出处罚，要求李某赔偿公司损失2万元，每月从其工资中扣除2000元。

5个月后，李某申请劳动仲裁，要求与公司解除劳动合同并退回所扣款项。公司则提出反诉，要求李某一次性赔偿公司损失余额1万元。

经开庭审理，仲裁庭认为，李某对于事故发生存在重大过失，公司要求其赔偿40%损失并无不当，但每月扣除额不能超过其工资的20%。鉴于双方同意解除劳动合同，李某还应一次性向公司赔偿剩余的1万元损失。

本案的争议焦点在于公司能否要求劳动者承担损失赔偿责任、责任如何分担以及赔偿如何执行的问题。

本案中，李某未按照公司要求进行检修，导致再次发生事故，对于公司损失存在重大过失，应承担相应的赔偿责任。并且，公司规章制度的制定程序及内容并不违反法律规定，也不存在明显不合理的情形，李某也知悉，因此可作为确定李某责任的依据。

但是，在确定具体的赔偿数额时，应根据劳动者的过错程度、造成损失的大小、收入水平、承担能力以及用人单位安全教育、管理措施、保障水平和本身应当承担的经营风险等因素酌情确定赔偿比例。根据我国《劳动法》第3条规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利，休息休假的权利，接受职业技能培训的权利，获得劳动安全卫生保护的权利，负有执行劳动安全卫生规程及遵守劳动纪律的义务。如果用人单位该部分工作存在缺失，那么其承担的责任相应就大。

对于赔偿款的扣除，可根据《工资支付暂行规定》第16条的规定，从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的工资不能低于当地月最低工资标准。因此，员工尚未离职的，公司可按月从其工资中扣除。如果员工提出辞职，鉴于以后公司难以按月索赔，应当允许公司一次性请求赔偿。比如《深圳市中级人民法院关于审理劳动争议案件的裁判指引》第99条规定，劳动者在履行劳动合同过程中造成用人单位损失，用人单位在解除劳动合同时要求劳动者一次性赔偿的，应予支持。

因员工本人原因给公司造成经济损失的，公司可以按照法律规定或者劳动合同约定要求其赔偿经济损失。但是，为避免在相关劳动争议中陷入被动，公司应该做到如下几点：

1.要在公司规章制度、集体合同或者劳动合同等文件中明确规定职工因故意或过失造成公司损失的应该予以赔偿等内容。相关内容应尽可能细化，比如：职工应承担其所造成公司损失的比例，职工在职期间怎么执行，职工提出离职怎么执行。

公司在制定规章制度时，应确保其程序及内容均合法，应通过民主程序制定，且不违反国家相关法律法规及政策的规定。根据我国《劳动合同法》第26条规定，用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的劳动合同无效或者部分无效。还有关键的一点，即公司应通过合理途径向劳动者公示、告知。

2.公司应确保自身的生产与经营行为不违法，尽到应尽的安全保护义务，不强迫员工超时加班，同时应加强对员工的职业培训以及对规章制度的学习。根据我国《劳动法》的相关规定，用人单位负有建立、健全劳动安全卫生制度，对劳动者进行安全卫生教育以及进行职业培训的义务。否则，公司应承担相对较大的责任，甚至全部责任。

3.如果确因员工的过错行为造成了公司损失，公司应注意收集保留能够证明事故发生、发生原因、损失数额等方面的证据，以备发生纠纷时使用。此外，在职工工资中扣除其应承担的损失赔偿款，应该在工资表中