商品房开发项目施工工期因新冠疫情导致逾期的施工单位的处理是施工单位应当收集政府要求停工以及允许复工的文件，并及时书面告知发包方。证明在施工单位无过错的情况下，因遵从政府要求而导致的工期延误，该延误期间为不可抗力因素导致，不属于施工单位违约，工期应当相应顺延。

【法律依据】

根据《合同法》第一百一十七条，因不可抗力不能履行合同的，根据不可抗力的影响，部分或者全部免除责任，但法律另有规定的除外。当事人迟延履行后发生不可抗力的，不能免除责任。